提速近10倍!基于深度学习的全基因组选择新方法来了******
近日,中国农业科学院作物科学研究所、三亚南繁研究院大数据智能设计育种创新团队联合多家单位提出利用植物海量多组学数据进行全基因组预测的深度学习方法, 可以实现育种大数据的高效整合与利用,将助力深度学习在全基因组选择中的应用,为智能设计育种及平台构建提供有效工具。相关研究成果发表在《分子植物(Molecular Plant)》上。
全基因组选择作为新一代育种技术,通过构建预测模型,根据基因组估计育种值进行早期个体的预测和选择,从而缩短育种世代间隔,加快育种进程,节约成本,推动现代育种向精准化和高效化方向发展。
统计模型作为全基因组选择的核心,极大地影响了全基因组预测的准确度和效率。传统预测方法基于线性回归模型,难以捕捉基因型和表型间的复杂关系。
相较于传统模型,非线性模型(如深度网络神经)具备分析复杂非加性效应的能力,人工智能和深度学习算法为解决大数据分析和高性能并行运算等难题提供了新的契机,深度学习算法的优化将会提高全基因组选择的预测能力。
该研究团队以玉米、小麦和番茄3种作物的4种不同维度的群体数据为测试材料,通过创新深度学习算法框架开发了全基因组选择新方法。
与其他五种主流预测方法相比,该方法有以下优点: 可以利用多组学数据开展全基因组预测;算法设计中包含批归一化层、回调函数和校正线性激活函数等结构,可以有效降低模型错误率,提高运行速度;预测精度稳健,在小型数据集上的表现与目前主流预测模型相当,在大规模数据集上预测优势更加明显;计算时间与传统方法相近,比已有深度学习方法提速近10倍;超参数调整对用户更加友好。
该研究得到了国家重点研发计划、国家自然科学基金、海南崖州湾种子实验室和中国农业科学院科技创新工程等项目的支持。
学术支持
中国农业科学院作物科学研究所
记者
宋雅娟
民俗活动温暖千家万户******
慈善公益报(张迎迎)兔子灯制作、剪纸、打年糕、捏面人……春节临近,各地丰富多彩的特色活动,让人民在体验传统民俗文化中喜迎新年,既传播时代正能量,也在参与和体验民俗文化活动中播撒传统文化,增强人民的文化自信。
民俗文化活动寻年味
日前,2023年第六届“幸福中国年”系列活动在重庆市嘉陵江畔曾家岩书院内举行,年味甚浓的民俗活动吸引了广大群众到访。
“玉兔迎春到 红梅祝福来” “金杯醉酒乾坤大 玉兔迎春岁月新 ”……书院内的大条案前,几位来自重庆市文物保护志愿者总队的志愿者,正一笔一画地写着春联。旁边的桌椅上,不少寓意美好、喜庆吉祥的春联已经完成,它们带着墨香,正静置待干。
第六届“幸福中国年”主办方曾家岩书院创始人吕真介绍说:“所有的春联、年画、福字等民俗作品,我们都赠送给广大市民,希望大家都能从传统文化中体会到欢乐,高高兴兴迎接兔年春节。”
在湖北省,第十五届宜昌·西陵庙会中,民俗游园、翰墨迎春、非遗展演等众多子活动相继登场,市民逛大集、打年货、品民俗、赏非遗。在广东省,佛山市顺德区乐从镇举行2023年非遗年味圩活动,来自书法协会、文化志愿者队伍的书法艺术家们各展风采,与居民互动。
体验特色民俗迎新年
春节临近,在安徽省芜湖市南陵县家发镇的联三村,一场丰富多彩的迎新春民俗文化活动,让村子热闹了起来,吸引不少城里人前来品民俗、寻年味。
活动当天,非遗糖画让技艺传承人王强又火了一把,熬糖、刷油、化糖、绘制、冷却……只见在“咕噜咕噜”的熬糖声中,几分钟的工夫,一个栩栩如生的糖画就在王强的巧手之下大功告成。以糖为墨,以勺为笔,看得孩子们欢呼雀跃,个个瞪大了眼睛,看在眼里、馋在心里。
“真没想到,家发镇还有这么多民俗,让我们找回了儿时年的记忆。”在体验了糖画制作之后,一群带着娃娃们围上来的妈妈赞叹连连。
据了解,近年来,南陵县持续推进乡村旅游高质量发展,依托丰富的旅游资源,一边挖掘文化内涵,一边助推文旅融合。
在山东省,潍坊谷德广场民俗潮玩集欢乐启幕,钩针、糖画、面人等众多传统民俗类项目,吸引许多顾客驻足体验,找寻曾经新年的回忆并合影留念。在江西省,南昌绳金塔历史文化街区新春剪纸DIY创意互动,兔子灯制作、剪纸等多个体验活动为新年增添一份喜庆色彩。
过了腊八就是年,春节的脚步越来越近,新年的味道也越来越浓。接下来,各类民俗文化活动还将继续,让人民在冬日感受到活力与欢乐,也为新一年的开始献上了满满的祝福。
(文图:赵筱尘 巫邓炎)